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在疏水作用色譜法(HIC)中，弱非極性固定相與高濃度的鹽的水溶液同時使用。該方法主要通過減少鹽的濃度來分離蛋白。 在反相色譜中，蛋白通過與填料上烷基或芳基相互作用保留下來。 不同于反相色譜，在疏水反應(yīng)色譜中上述官能團(tuán)的密度較低，且蛋白分子只在一個或少數(shù)幾個位置上吸附。 鹽濃度較高時會產(chǎn)生吸附作用，但若加入低百分比濃度的有機溶劑降低鹽濃度，則會產(chǎn)生脫附作用。 盡管二者均以疏水作用為基礎(chǔ)，但HIC分離的選擇性明顯不同于反相LC。 相對于RPC，HIC的最高容量較低，但其優(yōu)勢在于：流動相條件(主要是含水流動相)通常不會破壞高階蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
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